Der Dekanatsbezirk Gunzenhausen wird durch Dekan Christian Aschoff vertreten und gemeinsam von Gremien geleitet.
Die Dekanatssynode wird aus Kirchenvorsteherinnen und Kirchenvorstehern der 43 Kirchengemeinden gebildet. Dazu kommen noch die Vertreterinnen und Vertreter des Pfarrkapitels hinzu, sowie weitere berufene Personen aus den Werken und Einrichtungen des Dekanatsbezirks. Zwei ehrenamtliche Personen bilden zusammen mit Dekan Christian Aschoff das Präsidium. Die Dekanatssynode tritt zweimal jährlich zusammen und konstituiert sich am 15.3.2025 neu.
Der Dekanatsausschuss wird von der Dekanatssynode gewählt und trifft sich in der Regel monatlich, um Belage des Dekanatsbezirks zu besprechen und zu entscheiden. Er wird geleitet von Dekan Christian Aschoff zusammen mit den Präsiden der Dekanatssynode.
Auch die Dekanatsjugend hat ein eigenes Gremium: die Dekanatsjugendkammer. Beim Dekanatsjugendkonvent werden die Kammermitglieder gewählt. Außerdem wirken dort die Dekanatsjugendreferentin Frankziska Heim und Dekanatsjugendpfarrer Michael Babel mit.